Les publications de Pénombre sont la manifestation la plus visible de l’association. Il ne s’agit pas de revues à proprement parler, même si pour le public le plus large, « Pénombre » est d’abord assimilée au titre d’une publication plus ou moins régulière et mentionnée souvent comme telle dans la presse ou les revues spécialisées.
Deux séries sont produites sous des formats différents. La Lettre blanche ou Lettre d’information de Pénombre est un bulletin trimestriel tiré à 1500 exemplaires. Elle rassemble en une vingtaine de pages (quelquefois seize ou vingt-quatre) des articles plutôt courts sur des sujets touchant au nombre et à son usage. Le ton est souvent critique et humoristique, mais les questions soulevées peuvent entraîner des débats de fond poursuivis sur plusieurs numéros. La Lettre grise (initialement comme la littérature du même nom) est un supplément à la lettre d’information de Pénombre (de trente à soixante pages reprographiées). Des thèmes particuliers y sont traités un peu plus en profondeur. Elle est publiée sans périodicité. Les derniers numéros parus se présentent comme des comptes rendus des réunions organisées sur des thèmes ayant suscité une réflexion collective, en lien plus ou moins étroit avec l’actualité. A ces deux séries, se sont ajoutés parfois des numéros « hors-série » diffusés principalement sur le site internet.
Les numéros 1 à 46 de la Lettre blanche et les numéros 1 à 10 de la Lettre grise ont été mis en ligne sur un site Internet au fil de leur publication. Sous cette forme, ils sont encore accessibles sur les archives de ce site. Sous sa nouvelle forme, ce site prend le relais avec le numéro 47 et une partie des textes antérieurs sera progressivement intégrée selon ce nouveau format.